فرض نظام التعليم العام الجديد سلّم عقوبات متدرجًا على المؤسسات التعليمية الخاصة المخالفة، يبدأ بالإنذار وإيقاف تسجيل الطلاب، ثم غرامة من 5 آلاف إلى 50 ألف ريال، وقد يصل إلى إلغاء الترخيص مع إلزام المالك بإكمال العام الدراسي على نفقته، وإمكانية نشر قرار العقوبة بعد اكتسابه الصفة القطعية. وأكد النظام التزام الوزارة بضمان استمرار الدراسة وحفظ حقوق الطلاب عند ضبط المخالفات، مقابل منح المدارس الخاصة تسهيلات تشمل البت في طلبات الترخيص خلال 30 يومًا مع حق التظلم، وحرية تحديد الرسوم وفق معايير معتمدة، مع حظر فتح أو تغيير ملكية أو اسم أو موقع أي مؤسسة تعليمية خاصة دون موافقة الوزارة.
